Gus Yaqut pernah memberikan usulan mengenai mengucapkan doa semua agama sebelum memulai rapat di Kementerian Agama. Ia meminta semua kegiatan Kemenag tidak hanya diawali dengan pembacaan ayat suci Al-Quran melainkan semua agama yang diakui di Indonesia.
Gus Yaqut menambahkan bahwa Kementerian Agama memayungi semua agama yang diakui di Indonesia yang mana hal ini harus ditunjukkan dalam acara-acara Kemenag.
4. Membandingkan Suara Toa Masjid dengan Gonggongan Anjing
Kontroversi terbaru terjadi usai mengeluarkan Surat Edaran (SE) Nomor 5 Tahun 2022 tentang Pedoman Penggunaan Pengeras Suara di Masjid dan Mushola. Ia menegaskan bahwa tidak ada pelarangan penggunaan pengeras suara di tempat ibadah.
Aturan tersebut dibuat untuk membuat masyarakat semakin harmonis. Ia kemudian mengumpamakan jika tinggal di wilayah banyak anjing yang mengeluarkan suara keras secara bersamaan yang dapat mengganggu.