Kemudian, pada tahun 2009 hingga tahun 2014, Hadi Poernomo diangkat menjadi Ketua Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) menggantikan Anwar Nasution
Namun pada 21 April 2014, Hadi ditetapkan sebagai tersangka oleh Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) dalam kasus kasus dugaan korupsi terkait permohonan keberatan pajak yang diajukan Bank Central Asia.
Hadi kemudian dijerat dalam kapasitasnya sebagai Direktur Jenderal Pajak.
Dia dianggap melanggar Pasal 2 Ayat 1 dan atau Pasal 3 Undang-Undang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 55 Ayat 1 ke-1 KUHP.
Dalam kasus ini, Hadi mengajukan praperadilan ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan (PN Jaksel).
Kemudian pada pada 26 Mei 2015, gugatannya dikabulkan hakim tunggal Haswandi yang juga Ketua PN Jaksel.
Akhirnya, status tersangka yang melekat pada dirinya pun gugur.