Akan tetapi, ada kendala untuk mesin hidrogen, karena untuk pembakaran hidrogen mesin beroperasi dalam suhu yang jauh lebih tinggi dibandingkan mesin bensin.
Masalah ini terjadi karena hidrogen memiliki tingkat mudah terbakar yang lebih tinggi dibandingkan bensin, sehingga memungkinkannya terbakar dalam kombinasi udara-bahan bakar yang lebih beragam.
Meskipun berpotensi meningkatkan efisiensi, hal ini juga menghasilkan panas ekstra, yang bisa menyebabkan masalah seperti peningkatan emisi nitrogen oksida (NOx). Selain itu, ketukan mesin menyebabkan penurunan efisiensi dan daya tahan mesin.
Sebagai pakar mesin hidrogen, Toyota terus menyempurnakan keberadaan mesin dengan energi terbarukan ini.