4. Teori keempat: adanya puncak konflik di TNI
Teori selanjutnya meyakini bahwa peristiwa tersebut terjadi karena adanya puncak konflik internal para tentara yaitu persaingan antar matra maupun pilihan - pilihan politik yakni kubu pro nasakom dan kubu anti - nasakom.
5. Teori kelima: Soekarno dalang G30S/PKI
Mengingat eksekutor pada peritiwa tersebut berasal dari pasukan Tjakrabirawa atau pasukan khusus pengawal presiden.
Hal ini menimbulkan spekulasi jika Soekarno lah yang menyuruh atau setidaknya Soekarno mengetahui rencana tersebut.
Mengingat para jenderal TNI yang beberbeda pendapat dengannya, maka ia akan melakukan apapun untuk tetap berkuasa. Namun hal ini diyakini hanyalah teori untuk mengkambing hitamkan Soekarno.
6. Teori keenam: konspirasi PKI antara Mao Zedong, Soekarno dan Aidit
Teori ini seceritakan dalam buku Kudeta 1 Oktober oleh ilmuwan Ceko bernama Victor Miroslav Fic.
Dalam bukunya, ia menceritkan jika peristiwa 30 September 1965 merupakan konspirasi dari Mao Zedong, Soekarno dan Aidit yang berusaha untuk mempertahankan ideologi komunis ditengah perbedaan pendapat pada saat itu.
Baca Juga: MERINDING! 4 Museum Ini Saksi Sejarah Pembantaian dan Pembunuhan Keji di Indonesia
7. Teori ketujuh: PKI dalang G30SPKI
Menurut Brackman pada bukunya Collapse In Indonesia, PKI melakukan rekayasa didalam angkatan bersenjata. Hal ini diperkuat dengan catatan Central Comitte PKI, motif dari peristiwa ini dikarenakan Partai Komunis Indonesia ingin menjadi partai tunggal dan menjadikan Indonesia sebagai negara komunis.
8. Teori kedelapan: Syam Kamruzaman Perancang Gerakan 30 September
John Roosa menyimpulka bahwa perancang gerakan 30 September yang sesungguhnya adalah Syam Kamruzaman sedangkan letkol untung dan tentara sayap kiri adalah eksekutor lapangan. Syam adalah otak perencaan dari peristiwa malam itu, namun setelah kejadian letkol Untung di jebak. Beberapa sejarawan menilai syam adalah missing link dari peristiwa tersebut.
9. Teori kesembilan: G30S/PKI merupakan kudeta Soeharto
Teori ini memiliki banyak versi, namun dipercayai jika Soeharto berada dibalik peristiwa bedarah tersebut. Didalam pledoi Kol.A.Latief, ia menjelaskan jika dua hari sebelum peritstiwa tersebut ia melaporkan jika akan ada operasi pada tanggal 30 September untuk menggagalkan rencana kudeta dewan jenderal. Oleh karena itu, diketahui jika Soeharto sebenarnya mengetahui rencana operasi yang dilakukan oleh bawahannya. Selanjutnya dalam buku lain dijelaskan jika peristiwa tersebut merupakan kudeta Soeharto. Dan setelah adanya Super Semar, Soeharto terus mendapatkan keuntungan terutama dari Amerika.