Namun, perubahan paling mencolok terjadi pada 31 Juli 2019. Pada tanggal tersebut, tim sepak bola yang sebelumnya berada di bawah Manisa Büyükehir Belediyespor resmi memisahkan diri dan membentuk entitas baru dengan nama Manisa Futbol Kulübü (Manisa FK).
Langkah ini menandai era baru bagi sepak bola Manisa, dengan fokus lebih profesional dan independen sebagai klub mandiri.
Sementara itu, cabang olahraga profesional lainnya yang masih aktif di bawah Manisa Büyükehir Belediyespor adalah tim bola basket putra, yang saat ini berlaga di Turki Basketbol Ligi, kasta kedua bola basket nasional.
Serta klub basket yang saat ini baru merekrut pevoli Indonesia, eks Red Sparks, Megawati Hangestri.