Lanjut Menhub, estimasi biaya yang diperlukan untuk merealisasikan pembangunan perlintasan KA sepanjang 40 kilometer ini memerlukan biaya sekitar 5-6 triliun yang bersumber dari APBN dan swasta. Direktur Jenderal Perkeretaapian Prasetyo menambahkan nantinya jalur KA Yogyakarta – Magelang ini akan mengikuti jalur jalan raya yang ada, “jalur akan mengikuti jalur jalan raya yang ada saat ini, sekarang ini jalan propinsi akan ditingkatkan menjadi jalan nasional, jadi nanti yang dibangun yang dari Stasiun Sentolo ke utara (arah Magelang), jelas Prasetyo.
Untuk lebih meningkatkan kunjungan wisata khususnya di Jogja, Solo, dan Candi Borobudur nantinya KA yang melayani rute ini akan di desain secara khusus begitu juga dengan stasiun yang dilalui juga akan di desain dengan mengusung budaya kearifan lokal.
