Diduga insiden ini diakibatkan kebocoran di ruang mesin kapal KMP Tunu Pratama Jaya yang menyebabkan kapal bermuatan truk tronton tersebut tenggelam di Selat Bali.
Adapun kronologinya bermula pada pukul 00.16 WITA, saat KMP. Tunu Pratama Jaya dalam perjalanan melintasi Selat Bali. Sebuah panggilan darurat diterima melalui channel 17 yang melaporkan adanya kebocoran mesin dan permohonan bantuan.
Namun hanya dalam 3 menit kemudian tepatnya pukul 00.19 WITA, KMP. Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami blackout atau mati total.
Kondisi ini semakin kritis ketika KMP Tunu Pratama Jaya 3888 yang bergerak untuk memberikan pertolongan menginformasikan ke Lalu Lintas Pelabuhan (LPS) Gilimanuk pada pukul 00.22 WITA bahwa KMP. Tunu Pratama Jaya telah terbalik dan hanyut ke arah selatan. Koordinat terakhir kapal yang terbalik dilaporkan berada di -08°09.371', 114°25, 1569'.