Di babak kedua, Borneo FC mencoba mengambil inisiatif serangan. Pada menit ke-51, sebuah peluang dimiliki oleh tuan rumah namun sepakan Stefano Lilipaly masih dapat diblok Lucas Frigeri.
Sebuah serangan balik berbahaya dilakukan oleh Madura United, sayang sepakan Dalberto masih melenceng dari sasaran sebelum disapu pemain tuan rumah.
Borneo FC memiliki berapa peluang namun masih dapat digagalkan Lucas. Namun Madura United dapat mencetak gol lewat sepakan Malik Risaldi menyelesaikan umpan Rivera di menit ke-58. Skor menjadi 2-2.
Pada menit ke-67, Malik Risaldi kembali mencatatkan namanya di papan skor lewat sepakan kaki kanannya. Gol tersebut membuat Madura United unggul 3-2 atau agregat 4-2.
Madura United masih melanjutkan tekanannya dan usaha Rivera masih gagal. Borneo FC juga masih belum menyerah usaha Kei Hirose masih dapat dihalau.
Borneo FC beberapa kali mengancam gawang Madura United, namun tetap tidak ada tambahan gol. Hingga wasit meniupkan peluit panjang skor tetap 3-2 dan unggul agregat 4-2.
Susunan Pemain
Borneo FC Samarinda (4-3-3) :Angga Saputro; Leo Guntara, Silverio da Silva, Alfharezzi Buffon, Fajar Fathurrahman; Adam Alis, Kei Hirose, Hendro Siswanto; Stefano Lilipaly, Felipe Cadenazzi, Terens Puhiri.
Pelatih: Pieter Huistra.
Baca Juga: Resmi Promosi, 3 Pemain Timnas Indonesia yang Layak Direkrut Oxford United
Madura United (4-3-3) : Lucas Frigeri; Koko Ari, Fachruddin Aryanto, Cleberson, Dodi Alekvan Djin; Jacob Mahler, Hugo Gomes, Francisco Rivera; Malik Risaldi, Dalberto, Riyatno Abiyoso.
Pelatih: Rakhmat Basuki.
