Walau lahir di Indonesia, Emil memilih kewarganegaraan Italia.
Apalagi sejak kecil ia menghabiskan masa tumbuhnya di Italia tepatnya di Cumiana, Turin.
Kiper dengan tinggi 1,92 cm tersebut memulai karier sepak bolanya di sebuah klub lokal di Italia yakni Cumiana.
Pada 2008 ia kemudian melanjutkan ke Akademi Juventus.
Ia tercatat pernah bermain di tim Juventus U-17 serta U-19.
Ia sempat turun di kompetisi UEFA Youth League dari 2014 hingga 2017.
Sepanjang periode itu, ia bermain sebanyak 12 kali dengan mencatatkan 2 kali clean sheet dan 17 kali kebobolan.
Meski begitu, bersama timnya ia pernah mencicipi menjadi juara Supercoppa Primavera 2014.
Atas penampilannya itu, Emil Audero sempat dipercaya bergabung bersama tim senior Juventus.
Baca Juga: PSSI Lepas Emil Audero dari Incaran, Fokus pada Sidang CAS Maarten Paes
Ia melakoni debut bersama Juventus pada musim 2016-2017 saat menghadapi Bologna di laga Serie A pekan ke-38.