Waria berkeyakinan Kristen-Katolik juga bisa mendapat bimbingan keagamaan. Sejak 2019, Ponpes Al-Fatih bekerjasama dengan Universitas Kristen Duta Wacana (UKDW) untuk jadi pengajar.
Sampai pada 2020 lalu, ada empat orang waria yang berkeyakinan Kristen-Katolik di pesantren tersebut.