Bom pertama meledak di Gereja Katolik Santa Maria Tak Bercela di Jalan Ngagel Madya Utara.
Selanjutnya, bom juga meledak di Gereja Kristen Indonesia, Jalan Diponegoro 146. Tak lama berselang, terjadi ledakan bom di Gereja Pantekosta Pusat Surabaya (GPPS).