Pada 1980 hingga 1986 ia menjabat lagi sebagai Rektor Colegio de San José, serta pastor paroki.
Pada Maret 1986, ia berangkat ke Jerman untuk menyelesaikan disertasi doktoralnya.
Pada 20 Mei 1992, Paus Yohanes Paulus II mengangkatnya sebagai Uskup Tituler Auca dan Uskup Auksilier Buenos Aires.
Pada 27 Mei 1992, ia menerima tahbisan episkopal dari Kardinal di katedral. “Miserando atque eligendo” dipilihnya sebagai motto episkopalnya.
Paus juga langsung dipercaya memegang jabatan penting lainnya seperti Uskup Agung Koajutor Buenos Aires.
Dalam kepemimpinannya ia memiliki beberapa tujuan, dua di antaranya yakni komunitas yang terbuka dan penuh persaudaraan, dan bantuan kepada orang miskin dan orang sakit.
Pada 13 Maret 2013, Ia terpilih sebagai Paus Tertinggi.
Sebelumnya pada 4 hingga 6 September 2024 lalu, Paus Fransiskus sempat berkunjung ke Indonesia. Dalam kunjungannya itu, Paus mengunjungi Gereja Katedral Jakarta dan juga memimpin misa akbar di Stadion Utama Gelora Bung Karno (GBK).
Kondisi Kesehatan
Baca Juga: Dari Tabu Menjadi Terbuka: Vatikan Kini Transparan soal Kesehatan Paus Fransiskus
Paus sebelumnya sempat dirawat di rumah sakit karena menderita bronkitis pada Februari lalu. Tak lama kemudian ia diagnosis mengalami pneumonia bilateral dan kadar trombosit rendah.