3. Pengujian polimorfisme nukleotida tunggal
Tes ini mengevaluasi sejumlah besar variasi (polimorfisme nukleotida tunggal atau SNP) di seluruh genom seseorang. Hasilnya dibandingkan dengan orang lain yang telah mengikuti tes untuk memberikan perkiraan latar belakang etnis seseorang.
Ahli silsilah menggunakan jenis tes ini karena hasil tes kromosom Y dan DNA mitokondria, yang hanya mewakili satu garis leluhur, tidak menangkap keseluruhan latar belakang etnis individu.
Namun demikian, tes genetic ancestry memiliki sejumlah keterbatasan. Penyedia pengujian membandingkan hasil pengujian individu dengan database berbeda dari pengujian sebelumnya, sehingga perkiraan etnis mungkin tidak konsisten dari satu penyedia ke penyedia lainnya.
Selain itu, karena sebagian besar populasi manusia telah bermigrasi berkali-kali sepanjang sejarah mereka dan bercampur dengan kelompok terdekat, perkiraan etnis berdasarkan pengujian genetik mungkin berbeda dari ekspektasi individu.