Kandungan unsur hara yang terlalu tinggi membuat eceng gondok tumbuh subur di perairan. Hal ini biasanya disebut sebagai eutrofikasi yang mana hal ini menjadi masalah serius karena bisa menyebabkan pendangkalan di beberapa danau.
Tumbuhan ari ini jika mati akan menumpuk dan mengendap di dasar danau, akibatnya terjadi pembentukan rawa dan daratan di beberapa danau. Eutrofikasi ini dapat disebabkan oleh beberapa hal seperti aktivtis pertanian dan perikanan di sekitar danau yang menyisakan sisa pestisida, serta pencemaran akibat kegiatan manuisa seperti limbah domestik dan sampah organik.