Saat masih muda, Helmy Faishal aktif di organisasi Nahdlatul Ulama (NU). Dia pernah tergabung dalam PP IPNU dan ikatan sarjana NU. Kemudian menjabat sebagai Pimpinan Pusat GP Ansor. Pada periode 2015-2021 dipercaya menjadi Sekjend PBNU.
Karier Helmy cukup mentereng sebagai politikus. Dia sempat menjadi Ketua DPP PKB periode 2010-2016. Tahun 2009 dia diangkat menjadi Menteri Pedesaan dan Daerah tertinggal (PDT) hingga 2014.
Setelah itu maju sebagai anggota DPR RI pada Pemilu 2014 dan terpilih. Dia dipercaya sebagai Ketua Fraksi PKB DPR RI 2015-2019.
Selain di politik, Helmy memiliki pengalaman memimpin perusahaan. Dia tercatat sebagai manajer PT. Perdana Compalindo dan direktur PT. Bangkit Nusa Persada.