Sofyan Jacob dan Surojo Bimantoro dianggap telah melakukan tindakan melawan perintah atasan atau insubordinasi.
Meski demikian, hal tersebut dibantah oleh Sofyan Jacob. Ia menantang untuk membuktikan tindakan insubordinasi yang dimaksud.
Pada 18 Desember 201, Sofyan Jacob diberhentikan dari jabatannya sebagai Kapolda Metro Jaya.
Gugat Presiden Megawati Soekarnoputri
Setelah Gus Dur lengser dari jabatannya sebagai presiden, Megawati Soekarnoputri yang menggantikannya, mengeluarkan surat keputusan pensiun kepada 64 perwira Polri, salah satunya adalah Sofyan Jacob.
Sofyan Jacob tak terima dengan keputusan tersebut lantaran dinilai bertentangan dengan Undang Undang Nomor 2 Tahun 2002 yang menyebutkan anggota Polri pensiun berumur 58 tahun, sementara saat itu Sofyan Jacob baru berusia 55 tahun.
Sofyan Jacob menggugat Megawati dan Kapolri Dai Bakctiar ke PTUN. Hasil gugatan, Sofyan Jacob menang di tingkat banding. Namun belakangan ia mencabut gugatannya dengan alasan telah ikhlas.
