
Selanjutnya, Mega dan pengikutnya menduduki kantor DPP PDI yang berada di Jalan Diponegoro Jakarta. Hingga akhirnya pada 27 Juli 1996 pengikut Soerjadi terlibat bentrok dengan pendukung Mega. Peristiwa tersebut lantas dikenal sebagai 'Kudatuli'.
Pada tahun 1997 Soerjadi kehilangan banyak suara pendukungnya. Sebagian pendukungnya lari ke Partai Persatuan Pembangunan, sedangkan pendukung Mega menjadi lebih banyak.
Setelah orde baru runtuh, nama Mega dan PDIP keluar sebagai pemenang dalam Pemilu 1999. Mega lantas menduduki kursi Wakil Presiden Indonesia hingga tahun 2001. Ia lantas mencalonkan diri dan terpilih sebagai Presiden Republik Indonesia pada 2001-2004. Namun, beberapa kali mencalonkan diri, Megawati gagal terpilih lagi menjadi presiden.