Peraturan ini tidak berlaku untuk jalan tol Bali Mandara dan Suramadu. Untuk jalan tol Suramadu sudah diubah menjadi jalan non tol, sementara tol Bali Mandara masih bisa dilewati motor.
Pemerintah telah merevisi aturan tersebut melalui PP Nomor 44 Tahun 2009 dengan menambahkan satu ayat di pasal 38. Isi ayat tambahan tersebut memperbolehkan motor melintas di jalan tol jika tol tersebut memiliki ruas jalan khusus untuk motor.