Pada umumnya, doa Qunut sebaiknya dilantunkan dengan suara pelan setelah gerakan ruku dan bacaan i'tidal sambil mengangkat kedua tangan. Umat Muslim tidak perlu khawatir jika secara tidak sengaja meninggalkan doa Qunut Subuh, karena mengikuti petunjuk Nabi Muhammad SAW, doa Qunut Subuh adalah ibadah sunnah yang tidak diwajibkan.
Oleh karena itu, walaupun terdapat perbedaan pendapat mengenai penggunaan doa Qunut Subuh, sebaiknya perbedaan ini tidak menjadi sumber perdebatan yang memicu perselisihan di antara umat.