Sejumlah organisasi yang pernah diikuti oleh Muhadjir Effendy di antaranya Tapak Suci Putra Muhammadiyah pada 1975-1980, lalu Ketua pelajar Islam Indonesia (PII) Malang pada 1978.
Kemudian Muhadjir juga menjadi Ketua Bidang Pendidikan KNPI Kodya Malang periode 1978-1981, Ketua Umum Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) cabang Malang pada 1980.
Riwayat organisasi Muhadjir Effendy selengkapnya adalah sebagai berikut:
· Ketua Bidang Cendikiawan DPD Golkar Malang (1984-1989).
· Ketua Team Pembinaan Mahasiswa Perguruan Tinggi Muhammadiyah, Majelis DIKTI-LITBANG PP Muhammadiyah (1986-1994).
· Wakil Ketua Badan Pendidikan Kader/Pembina Angkatan Muda Muhammadiyah (BPK/P-AMM), PP Muhammadiyah (1995-2000).
· Ketua Badan Pendidikan Kader/Pembina Angkatan Muda Muhammadiyah (BPK/P-AMM) Muhammadiyah Wilayah Jawa Timur (1997-2001)
· Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur (2000-2005).
· Ketua Bidang Kemahasiswaan Badan Kerjasama Perguruan Tinggi Islam Swasta Se-Indonesia (BKS-PTIS) (2005-2009)
Baca Juga: Menko PMK Masuk Kandidat Cawapres Ganjar, PPP masih Pede Sandiaga Uno Tak Tergantikan
· Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur (2005-2010).