Setelah meraih gelar M.B.A dari Stanford, Anindya menjabat sebagai Wakil Chief Operating Officer dan Managing Director di Bakrie & Brothers.
Anindya memasuki dunia media melalui Cakrawala Andalas Televisi (ANTV) pada 2002. Ia mengusulkan restrukturisasi kepada lebih dari 200 kreditor untuk mengubah utang menjadi ekuitas, meskipun saham Bakrie turun dari 60 persen menjadi 21 persen. Anindya juga memperbarui konten dengan fokus pada acara keluarga, seperti kuis, acara anak-anak, dan pertandingan sepak bola.
Pada tahun 2007, Anindya membeli Lativi Media Karya dari Abdul Latief dan menggantinya menjadi TV One, yang fokus pada berita untuk kelas menengah. Bersama ANTV, TV One berhasil menguasai 15,6 perseb pengeluaran iklan TV di Indonesia. Pada tahun 2011, Anindya bekerja sama dengan Erick Thohir untuk mengakuisisi ANTV, TV One, dan Vivanews, membentuk Visi Media Asia (Viva Group), di mana Anindya menjadi ketua dan Erick sebagai presiden direktur.
Pada tahun 2014, Bakrie Global Group yang dipimpin Anindya melakukan investasi Series C di Path, sebuah jejaring sosial dengan 4 juta pengguna aktif di Indonesia, namun Path kemudian ditutup pada Oktober 2018.
Pada Desember 2003, Anindya menjadi Presiden Direktur dan CEO PT Bakrie Telecom, yang menjadi penyedia telekomunikasi CDMA terbesar di Indonesia dengan 11 juta pelanggan pada 2011. Perusahaan ini menawarkan layanan seluler, telepon rumah, panggilan internasional, serta akses internet.
Anak perusahaan Bakrie Group, PT VKTR Teknologi Mobilitas, melantai di Bursa Efek Indonesia pada 19 Juni 2023 dengan dukungan BYD Automobile dari China. Anindya menjabat sebagai Komisaris Utama dan VKTR berhasil mengumpulkan dana sebesar 875 miliar rupiah melalui IPO.
Pada Maret 2022, VKTR menyuplai 30 bus listrik ke Pemprov DKI Jakarta, dengan tambahan 22 bus pada Desember 2022. Armada bus listrik tersebut telah melayani 10 juta penumpang dan menghemat 5,5 juta ton emisi karbon dioksida, setara dengan penanaman 250.000 pohon setiap tahun.
