Adapun dalam RUU ini, hal utama yang diubah adalah perubahan penetapan jumlah kementerian. Kekinian jumlah kementerian tak lagi dibatasi 34 kementerian, tapi diserahkan kepada presiden sesuai kebutuhan dengan mempertimbangkan efektivitas pemerintahan.
"Jumlah keseluruhan kementerian yang dibentuk sebagaimana dimaksud dalam pasal 12, pasal 13, dan pasal 14 ditetapkan sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan pemerintahan oleh presiden," bunyi Pasal 15 RUU Kementerian Negara.
Kemudian, terdapat penambahan dua pasal. Yaitu Pasal 6 dan Pasal 9A.
"Dalam hal tertentu, pembentukan Kementerian tersendiri dapat didasarkan pada sub urusan pemerintahan atau perincian urusan pemerintahan sepanjang memiliki keterkaitan ruang lingkup urusan pemerintahan sebagaimana dimaksud pada pasal 5 ayat (1), ayat (2), dan ayat (3)." bunyi Pasal 6.
"Dalam hal terdapat undang-undang yang menuliskan, mengatur dan/ mencantumkan unsur organisasi sebagaimana dimaksud dalam pasal 9, presiden dapat melakukan perubahan unsur organisasi dimaksud dalam peraturan pelaksanaan sesuai dengan kebutuhan penyelenggaraan pemerintahan," bunyi Pasal 9A.
