Pigai menyampaikan pesan yang dinilai rasialisme ke Presiden Jokowi dan Ganjar Pranowo sebagai orang Jawa di cuitannya. "Jgn percaya org Jawa Tengah Jokowi & Ganjar. Mrk merampok kekayaan kita, mereka bunuh rakyat papua.”
5.Komnas HAM
Pigai juga mengkritik Komnas HAM. Ia menilai bahwa Komnas HAM seharusnya tidak ikut mengurusi TWK KPK.
6.Terlibat Friksi
Pigai juga pernah terlibat friksi terkait isu rasisme dengan politikus Ambroncius Nababan dari Partai Hanura
Kontroversi yang melibatkan Natalius Pigai mencerminkan kompleksitas politik dan sosial di Indonesia, di mana suara kritis sering kali menghadapi tantangan dan dukungan yang berbeda-beda.