All New Yaris Cross menawarkan dua pilihan mesin, yakni hybrid dan bensin yang sama-sama mengandalkan mesin berkapasitas 1.500 cc 4 silinder.
Varian hybrid ditenagai oleh mesin yang menghasilkan 82 kW, dilengkapi mode EV, dan transmisi CVT yang bekerja sama dengan motor listrik untuk menggerakkan roda depan secara efisien tanpa mengurangi performa. All New Yaris Cross juga sudah dibekali Toyota Hybrid System (THS) terbaru, dengan pengembangan pada motor listrik dan penggunaan baterai Lithium-Ion yang lebih ringkas dan bertenaga.
Menariknya, ini adalah kali pertama Toyota di Indonesia menggunakan baterai Lithium-Ion pada model Hybrid EV mereka. Keunggulan baterai ini terletak pada ketahanannya terhadap suhu ekstrem dan ukurannya yang lebih kompak. Penempatan baterai hybrid di bawah jok penumpang belakang juga memastikan kapasitas bagasi atau kabin penumpang tidak berkurang.