Analisis Virus Corona dari Sudut Pandang Bioinformatika

Suara.com - Virus corona kini menjadi masalah serius yang menjadi perhatian penting bagi bagi berbagai cabang ilmu, termasuk bioinformatika. Sejak Covid-19 menjadi masalah serius di dunia, ilmu bioinformatika mencari solusi untuk cetak-biru diagnostik, pengobatan, dan pencegahan dalam bentuk vaksin.

"Dalam konteks diagnostik, yang dilakukan adalah navigasi ke basis data genome SARS-CoV-2 untuk mencari conserve region yang dapat dikembangkan sebagai marker untuk diagnosis molekuler. Kemudian, dalam konteks pengobatan, ada dua strategi yang dikembangkan oleh bioinformatisi," kata Dr Arli Aditya Parkesit, Kepala Jurusan Bioinformatika Indonesia International Institute for Life Sciences (i3l), seperti dalam rilis yang terima Suara.com.

Yang pertama menurut Dr Arli Aditya, menggunakan basis obat yang sudah ada atau drug repurposing. Kedua menggunakan basis data herbal, yang juga sudah banyak dikembangkan oleh China.

"Terakhir, dalam konteks pengembangan vaksin, kami menggunakan metode immunoinformatika untuk mendesain vaksin generasi baru yang lebih aman karena materi genetikanya tidak diikutsertakan," jelas Dr Arli Aditya.

Pengembangan diagnosis, pengobatan, dan pencegahan dengan ilmu bioinformatika ini dimungkinkan dengan sudah tersedianya basis data urutan atau sekuens genome dan proteome virus SARS-CoV-2 di basis data genbank. Sementara itu, struktur 3D proteinnya tersedia di basis data RCSB/PDB (Protein Data Bank).

Untuk menghadapi situasi pandemi saat ini, Dr Arli Aditya mengakui anjuran pemerintah sudah sangat tepat. Anjuran tersebut di seperti physical distancing, rajin cuci tangan, menggunakan masker saat keluar rumah, dan lainnya.

"Jangan pergi ke rumah sakit jika tidak sakit berat, dan terutama ikuti petunjuk dari RT/RW terkait pengamanan wilayah masing-masing. Dissenting opinion atau perbedaan pendapat terhadap ketentuan atau kebijakan pemerintah harap serahkan ke ahlinya," ucap Dr Arli Aditya.

Soal vaksin untuk melawan virus corona, Dr Arli Aditya mengakui sudah ada beberapa negara yang sedang mencoba mengembangkan vaksin. Bahkan pemerintah Indonesia sudah membentuk task-force untuk mengembangkan vaksin COVID-19.

“Namun berdasarkan data pohon filogeni terakhir mengenai SARS-CoV-2, virus ini ternyata memiliki beberapa klaster, yang dimungkinkan berkembang menjadi beberapa subtype. Fenomena ini juga terjadi pada virus lain, seperti HIV, Flu, dan Dengue/DENV,” beber Dr Arli Aditya.

“Konsekuensinya, desain vaksin kedepannya sangat mungkin harus membuat tulang punggung atau backbone yang dapat mengkover semua klaster, yang bukannya tak mungkin akan berkembang menjadi subtype sendiri. Tantangan terbesar semua ini adalah materi genetic SARS-CoV-2 yang berupa RNA, sehingga sangat mudah bermutasi. Ini yang menyebabkan pengembangan vaksin sangat menantang, walaupun jika menggunakan ilmu bioinformatika dan instrument biomedis molekuler termutakhir, kemungkinan berhasil selalu ada,” tuturnya.