Masalah muncul setelah pergantian direksi pada November 2012 usai Posisi Direktur Utama beralih dari Rahardjo ke Sattar Taba.
KBN meminta revisi komposisi saham yang akhirnya disepakati menjadi 50:50, Namun KBN tak mampu menyetor modal hingga batas waktu yang ditentukan karena ternyata tidak diizinkan oleh Kementerian BUMN dan Pemda DKI Jakarta sebagai pemilik saham KBN.
Kejadian setelahnya, KBN malah tetap menganggap memiliki saham 50% di KCN. Tak hanya itu, KBN juga mengirimkan surat penghentian pembangunan pelabuhan marunda kepada KCN dan berlanjut pada gugatan perdata ke pengadilan untuk membatalkan konsesi.