KM Nggapulu melayani rute Tg. Priok - Surabaya - Makassar - Baubau - Ambon - Banda - Tual - Dobo - Fakfak PP.
KM Kelud melayani rute Belawan - Batam - Tg. Priok. Serta KM Egon kini melayani rute Waingapu - Lembar - Waingapu - Lembar - Surabaya - Lembar - Waingapu.
PELNI sebagai Perusahaan Badan Usaha Milik Negara yang bergerak pada bidang transportasi laut hingga saat ini telah mengoperasikan sebanyak 26 kapal penumpang dan menyinggahi 83 pelabuhan serta melayani 1.100 ruas.
Selain angkutan penumpang, PELNI juga melayani 45 trayek kapal perintis yang menjadi sarana aksesibilitas bagi mobilitas penduduk di daerah T3P dimana kapal perintis menyinggahi 275 pelabuhan dengan 3.739 ruas. PELNI juga mengoperasikan sebanyak 20 kapal Rede.
Sedangkan pada pelayanan bisnis logistik, kini PELNI mengoperasikan 4 kapal barang, 8 kapal tol laut serta 1 kapal khusus ternak. (Antara)