Seleksi tahap kedua Timnas U-16 akan berlangsung hingga Rabu (16/6/2021) dengan dua sesi. Adapun sesi pertama pada 7-11 Juni 2021 dan sesi kedua pada 12-16 Juni 2021.
Seleksi tahap kedua ini sekaligus menjadi seleksi akhir sebelum pembentukan kerangkan Timnas Indonesia U-16 sesungguhnya. Setelah itu, akan ada training camp khusus bagi mereka yang terpilih.