Setelah dari PSS, Seto Nurdiantoro kemudian pindah lagi ke PSIM pada musim 2006/07. Namun, lagi-lagi dia hanya bertahan satu musim di sana.
Setelah dari PSIM, Seto kembali membela klub asal Jogja lainnya yaitu Persiba Bantul. Setelah pensiun, dia kemudian mulai merambah dunia kepelatihan.
Dia menjadi asisten pelatih di Persiba Bantul pada 2010, lalu menjadi pelatih PSIM selama dua musim dari 2013-2015. Dia juga sempat menjadi pelatih Pra-PON Yogyakarta pada 2016.
Seto Nurdiantoro kemudian menjadi asisten pelatih PSS Sleman pada 2017. Dia naik jabatan menjadi pelatih kepala pada 2018 dan membawa PSS menjadi kampiun Liga 2 2018 dan promosi ke Liga 1 2019.
Seto sempat melatih PSIM setelah didepak PSS pada Januari 2020. Namun, dia gagal membawa PSIM promosi ke Liga 1 usai kalah di semifinal.
Seto Nurdiantoro sempat menyatakan bakal rehat sejenak dari dunia sepak bola usai kegagalan tersebut, namun tak lama berselang PSS Sleman kembali mengumumkan bahwa Seto menjadi pelatih mereka lagi.
[Penulis: Aditia Rizki]
