Pada usia 16 tahun, Hubner bergabung dengan tim akademi Wolves U-18. Setelah dua musim bermain dalam kompetisi usia muda, Hubner dipromosikan ke tim Wolves U-21.
Bersama Wolves U-21, ia tampil di kompetisi kasta ketiga Liga Inggris, yakni Premier League 2 2021/2022, dengan mencatatkan sembilan pertandingan dan tiga gol pada musim 2022/2024.
Gol terakhir Hubner bersama Wolves U-21 terjadi sebelum kepulangannya ke Indonesia untuk mengikuti upacara sumpah WNI. Dalam pertandingan melawan Leicester U-21, Wolves U-21 berhasil mengalahkan tuan rumah dengan skor 3-1.
Hubner, yang diamanahi sebagai kapten tim, turut menyumbang satu gol melalui tendangan kaki kiri yang indah dari situasi sepak pojok.
Justin Hubner menjadi pemain naturalisasi keenam di bawah kepemimpinan Shin Tae Yong, bergabung dengan daftar pemain seperti Sandy Walsh, Jordi Amat, Shayne Pattynama, Ivar Jenner, dan Rafael Struick.