Setelah tampil di Piala Asia 2023, Baggott tidak lagi dipanggil ke skuad Timnas Indonesia. Situasi ini menjadi sorotan, terutama setelah dia absen dalam playoff Olimpiade 2024 melawan Guinea U-23 pada Mei 2024.
Saat itu, Shin Tae-yong berharap Baggott bisa bergabung karena Timnas Indonesia tengah mengalami krisis di lini pertahanan, terutama setelah Rizky Ridho mendapatkan hukuman kartu merah.
Namun, absennya Baggott membuat Shin Tae-yong harus memaksakan Nathan Tjoe-A-On untuk berduet dengan Muhammad Ferarri dan Komang Teguh di jantung pertahanan.
Sayangnya, hasilnya tidak memuaskan. Timnas Indonesia kalah 0-1 dari Guinea U-23, mengubur harapan untuk tampil di Olimpiade Paris 2024.
Keputusan Shin Tae-yong untuk tidak lagi memanggil Elkan Baggott menjadi pertanyaan besar. Saat dimintai keterangan, pelatih asal Korea Selatan itu memilih bungkam dan meminta media untuk bertanya langsung kepada Baggott.