Hubungan sang pemain dengan pelatih Shin Tae-yong sempat memanas setelah kontroversi penolakannya terhadap panggilan membela Timnas Indonesia pada playoff Olimpiade Paris 2024.
Akibatnya, Elkan Baggott belum pernah dipanggil lagi sejak Piala Asia 2023.
Kini, dengan kemajuan pemulihan cederanya, Elkan Baggott memiliki kesempatan untuk membuktikan kapasitasnya sebagai bek tengah yang andal di kompetisi Inggris dan, mungkin, menghidupkan kembali peluangnya bersama skuad Garuda di masa depan.