Setelah itu, Bojan Hodak kembali melatih klub Liga Super Malaysia saat direkrut Kelantan pada tahun 2012. Bahkan, dia juga sempat ditunjuk melatih klub raksasa Negeri Jiran, Johor Darul Takzim pada 2014.
Bersama JDT, Bojan Hodak bergelimang prestasi yakni dua gelar juara, yakni Liga Super Malaysia 2014 dan Malaysia Charity Shield 2015, serta menjadu runner-up Piala Malaysia 2014.
Setelah sempat melatih cukup lama di Negeri Jiran, Federasi Sepak Bola Malaysia (FAM) menunjuknya sebagai juru latih timnas Malaysia U-19.
Pekerjaannya bersama tim muda Harimau Malaya berlangsung cukup lama dari 2017 hingga 2019.
Pada tahun 2020, Hodak mencicipi sepak bola Indonesia. Dia sempat melatih PSM Makassar, tapi mengakhiri kontraknya lebih cepat.
Setelah menangani Kuala Lumpur City dan mampu mempersembahkan gelar Piala Malaysia 2021 usai menekuk JDT di final, Hodak kini kembali ke Indonesia untuk melatih Persib Bandung.
