Memiliki peran penting sebagai tempat transit dalam sejumlah peristiwa bersejarah, stasiun ini telah ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya di Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata.
Hingga kini, Stasiun Manggarai melayani pemberhentian KRL Commuter Line tujuan Jakarta Kota, Bogor, Tanah Abang, dan Bekasi.
Rencananya, stasiun ini bakal menjadi stasiun sentral, yaitu pusat pelayanan perjalanan kereta komuter, bandara dan jarak jauh dengan 18 peron.
Dalam sehari, setidaknya ada 726 perjalanan kereta melintas dengan sekitar 100 ribu penumpang yang membludak. Jika rencana stasiun sentral diterapkan, diperkirakan jumlah kepadatan bakal meningkat 2-3 kali.