Aktivitas Gunung Merapi yang semakin meningkat tidak meruntuhkan pendirian Mbah Maridjan untuk bertahan di rumahnya. Bahkan, ia diketahui sempat pergi ke masjid untuk sholat berjamaah bersama warga lain yang masih tetap tinggal di rumahnya masing-masing.
Hingga pukul 18.10 WIB, erupsi eksplosif Gunung Merapi terjadi dan mengakibatkan hujan abu vulkanik putih kecoklatan terpapar hingga Jalan Kaliurang Km 15, sekitar kawasan Pakem, Sleman, dan daerah di sekitarnya.
Situasi terparah pada peristiwa tersebut melanda Dusun Kinahrejo yang sulit dijangkau oleh tim evakuasi karena terkubur material vulkanik setebal 5 sentimeter.
Kondisi itu akhirnya mengakibatkan Mbah Maridjan dan warga di sekitarnya yang bertahan di rumah mereka meninggal dunia, termasuk wartawan Yuniawan Wahyu Nugroho yang saat itu hendak membujuk Mbah Maridjan untuk dievakuasi.
Jenazah Mbah Maridjan kemudian ditemukan pada 27 Oktober 2010 dalam posisi bersujud menghadap selatan ke arah pusat Kota Yogyakarta.
Berdasarkan laporan, tubuh Mbah Maridjan ditemukan tertutup rangka rumah dan batang pinus yang menimpa tembok kabar. Badannya memutih lantaran pecahan asbes dan abu yang mengenainya.