Sebelum viral, pada 2017, alumni UIN Syarif Hidayatullah Jakarta itu sempat bermasalah dengan guru-guru di Ponpes Al Zaytun. Kala itu, Panji Gumilang diduga melakukan penghinaan dan pelecehan.
Tak berhenti disitu, pada 2021, Panji Gumilang dilaporkan oleh mantan pegawai Ponpes Al Zaytun dengan inisial K. Panji dilaporkan atas dugaan pencabulan terhadap K.
Sebelumnya, diketahui Ponpes Al Zaytun menjadi perbincangan publik usai video pelaksanaan shalat Idul Fitri 1444 H mereka dianggap menyimpang dari ajaran agama Islam.
Pada video yang diunggah tersebut, tampak jamaah dibuat jarak. Selain itu, ada jamaah perempuan di posisi paling depan antara jamaah laki-laki.
Kini pemerintah melalui Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan Indonesia, Mahfud MD tengah menyelidiki dugaan penyimpangan ajaran dalam Ponpes ini dan telah dibentuk juga Tim Penyidik khusus Al-Zaytun.
Sebagai info terbaru, Tim investigasi dalam laporannya menyimpulkan bahwa Panji Gumilang sebagai pimpinan Al Zaytun tidak kooperatif.
Menurut Kiai Badruzzaman, Panji tidak kooperatif karena menolak unsur Majelis Ulama Indonesia (MUI) untuk ikut serta di dalam pertemuan antara tim investigasi dengan pihak Al Zaytun.