Dalam kasus itu, Probo akhirnya divonis bersalah oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada April 2003. Ia dijatuhi hukuman 4 tahun penjara atas kasus dana reboisasi HTI senilai Rp100,931 miliar.
Probosutedjo langsung mengajukan banding ke Pengadilan Tinggi Jakarta, yang kemudian mengurangi masa hukumanya menjadi dua tahun.
Sementara ketika mencoba upaya kasasi pada medio November 2005, Mahkamah Agung justru mengeluarkan putusan yang menguatkan vonis PN Jakpus, yakni pidana 4 tahun penjara, denda Rp30 juta subsider tiga bulan kurungan dan wajib membayar uang pengganti kerugian senilai Rp100,9 miliar.
Putusan MA itu segera ditindaklanjuti Kejaksaan selalu eksekutor. Pada 30 November 2005, bos PT Menara Hutan Buana itu masuk Lapas Cipinang, Jakarta Timur, dan kemudian dipindah ke Lapas Sukamiskin Bandung.
Saat mengajukan upaya kasasi, persisnya tanggal 11 Oktober 2005, Probo mengakui memberikan uang senilai Rp6 miliar kepada pengacaranya, Harini Wiyoso.
Probo mengakui, uang itu untuk menyuap Ketua Mahkamah Agung Bagir manan dan anggota lain yang menangangi perkaranya, yakni Parman Suparman dan Usman Karim.
Namun, per 31 Oktober 2005, seluruh jajaran hakim perkara Probo digantikan Iskandar Kamil, Atja Sondjaya, Harifin A Tumpa, Djoko Sarwoko, dan Rehngena Purba.
Sebulan kemudian, 28 November 2005, Majelis Hakim tingkat kasasi Mahkamah Agung memutuskan untuk menghukum Probosutedjo empat tahun penjara serta denda sebesar Rp.30 juta subsider 3 bulan penjara.
Ia juga harus membayar kembali Rp.100,931 miliar sebagai pengganti uang yang dikorupsi tersebut.
Baca Juga: iPhone dengan Layar Lipat Meluncur di 2020
Setelah menjalani dua per tiga masa hukumannya di Lembaga Permasyarakatan Sukamiskin di Bandung, ia dibebaskan pada 12 Maret 2008.