Profesi sebagai akademisi dan keaktifannya menulis kemudian mengantarkan Palguna menjadi anggota MPR RI Periode 1999- 2004 sebagai utusan daerah.
Palguna menjadi salah satu pelaku sejarah ketika MPR RI mengamandemen UUD 1945. Sebelum masa jabatannya usai, pada tahun 2003, Palguna dicalonkan DPR RI menjadi hakim konstitusi dan terpilih menjadi hakim konstitusi periode pertama sekaligus yang termuda pada saat itu.
