Untuk diketahui, pada tanggal 9 November 2005, dilaporkan bahwa Azahari tewas meledakkan diri dalam sebuah penyergapan yang dilaksanakan kelompok Detasemen Khusus 88 di Kota Batu karena ingin menghindar dari tangkapan polisi.
Menurut versi Polri, Azahari mati ditembak anggota kepolisian, bukan meledakkan diri. Polisi kemudian memastikan identifikasi Azahari setelah dicocokkan dengan sidik jari dari kepolisian Indonesia dan Kepolisian Kerajaan Malaysia.