Sekitar 20 orang terluka dalam kebakaran itu, menurut dinas kesehatan Herat.
Kementerian keuangan mengatakan temuan awal menunjukkan kobaran api dimulai di sebuah kapal tanker sebelum menyebar dengan cepat dan menyebabkan "kerugian finansial yang besar", termasuk bahan bakar, tanker dan fasilitas bea cukai.
Delegasi dari ibu kota Kabul juga akan turun tangan menyelidiki kasus kebakaran tersebut.
Kerusakan saluran listrik akibat insiden itu menyebabkan sebagian besar provinsi Herat tidak mendapat aliran listrik pada hari Minggu.
Pada hari Minggu, dinas pemadam kebakaran Afghanistan dan Iran berada di tempat kejadian untuk memadamkan api yang tersisa.
Islam Qala adalah salah satu pelabuhan utama di Afghanistan, tempat sebagian besar perdagangan resmi dengan Iran dilakukan.
Kabul diberi keringanan dari Washington yang mengizinkannya mengimpor minyak dan gas dari Iran meskipun ada sanksi Amerika Serikat.