Perhatian Siswono Yudo Husodo semakin besar terhadap pertanian ketika ia tidak lagi terjun ke birokrasi dan ketika masyarakat tani memilih dirinya sebagai Ketua Umum Himpunan Kerukunan Tani Indonesia sejak 1999. Siswono juga sempat menjabat sebagai anggota MPR mewakili Petani pada 1999 dan 2004.
Pada 2004, ia pernah menjadi calon wakil dari Amien Rais. Sebanyak 6 partai politik mendukungnya, tetapi ternyata pasangan itu tersingkir pada putaran pertama pemungtan suara dan memenangkan 14,66% suara.
Siswono pernah terpilih menjadi anggota Dewan Perwkailan Rakyat mewakili Dapil Jawa Tengah I sebagaicalon Golongan Karya. Ia juga merupakan bagian dari komisi keempat dewan tersebut dan merupakan wakil ketua dewan kehormatannya.
Pada 2017, Siswono Yudo Husodo bergabung dengan Partai NasDem dan menjadi ketua dewan pertimbangannya. Pengesahan ini berdasarkan Surat Keputusan Nomor 069/DPP/Nasdem/III/2017 tanggal 22 Maret 2017.
Kontributor : Annisa Fianni Sisma