Dalam kajian yang dilakukan oleh Tim Peneliti Indonesia Institute for Society Empowerment (INSEP), tahun 2011, disebutkan bahwa ponpes Al Zaytun merupakan metamorfosis Institut Suffah Darul Islam/Tentara Islam Indonesia yang merupakan cikal bakal gerakan Negara Islam Indonesia yang dipimpin Kartosoewirjo.
Karena itu pula, pendiri dan pengurus pesantren tersebut diduga diisi oleh sejumlah mantan anggota NII KW 9 yang telah keluar organisasi itu pada 1992.
Namun tudingan itu sudah pernah dibantah oleh pihak ponpes dengan menyatakan kalau mazhab yang dipegang oleh Al Zaytun adalah Ahlussunnah Wal Jamaah.
Dan ada dugaan kalau Ponpes Al Zaytun merupakan bagian dari operasi intelijen, dimana salah satu tokoh yang mendukung ponpes itu adalah Jenderal Purnawirawan TNI Abdullah Mahmud Hendropriyono yang pernah menjabat sebagai Kepala Badan Intelijen Negara (BIN) periode 2001-2004.
Bahkan dalam satu kesempatan, Hendropriyono disebut pernah mengancam akan menindak siapapun yang berani mengusik keberadaan ponpes Al Zaytun.
Kontributor : Damayanti Kahyangan