Semasa kuliah, pria kelahiran Siborongborong Tapanuli ini juga aktif berorganisasi. Salah satunya di organisasi Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia (GMKI).
Dari jurnalistik ke politik
Di dunia jurnalistik, Panda Nababan pernah berkarier di sejumlah media massa. Diantaranya di Harian Umum Warta harian selama setahun pada 1969.
Pada 1970, ia pindah ke Harian Umum Sinar Harapan dan menjabat sebagai redaktur. Kariernya di media tersebut cukup lama, hingga 1987.
Setelah itu, Panda melanjutkan kariernya di bidang jurnalistik sebagai Wakil pemimpin Umum di Harian Umum Prioritas.
Panda kemudian pernah menjabat sebagai Kepala Litbang Media Indonesia dalam periode 1988 hingga 1989.
Kepiawaian Panda sebagai jurnalis dibuktikan dengan keberhasilannya meraih penghargaan bergengsi di dunia jurnalistik, yakni Perhargaan Adinegoro pada 1976.
Setelah malang melintang di dunia jurnalistik, Panda memutuskan untuk menjajal dunia politik dengan bergabung di Partai Demokrasi Indonesia (PDI) pada 1993.
PDI merupakan salah satu kekuatan politik di era orde baru yang kemudian menjelma menjadi PDI Perjuangan setelah Soeharto tumbang.
Pada 1998, jelang reformasi dan lengsernya Soeharto, Panda pernah menjadi saksi pergulatan di internal PDI.