Pemberhentian itu sempat menyebabkan kontroversi, sebab Kapolri Listyi Sigit Prabowo tetap memerintah Endar berada di KPK. Perintah tersebut disampaikan Kapolri lewat surat tertanggal 29 Maret 2023. Kapolri menyebut, penetapan Endar di KPK sebagai bagian penguatan lembaga antikorupsi.
Namun dugaan lainnya, Endar diberhentikan dari KPK disebut-sebut berkaitan dengan kasus Formula E. Endar diduga menolak perintah untuk menaikkan kasus tersebut ke tahap penyidikan.
