Selama menjabat, Anies membuat program penataan kampung dengan skema Community Action Plan (CAP) atau yang pembangunannya melibatkan masyarakat. Beberapa di antaranya adalah Kampung Susun Akuarium, Kampung Gembira Gembrong, hingga Kampung Susun Produktif Tumbuh Cakung.
Salah satu program penataan kampung yang paling disoroti adalah Kampung Susun Akuarium. Kawasan ini sempat ingin digusur oleh pendahulunya, Basuki Tjahaja Purnama alias Ahok dan Djarot Saiful Hidayat dengan alasan ingin membuat tanggul atau sheetpile di lokasi itu.
Alih-alih menggusur, Anies melakukan penataan membuatkan kampung susun untuk warga agar bisa tinggal di tempat itu. Anies menyebut pada era Ahok dan Djarot warga merasakan ketakutan karena khawatir akan direlokasi.