Pada akhirnya diputuskan masjid nasional akan dibangun di area Taman Wijaya Kusuma-- sebelumnya bernama Taman Wilhelmina, di depan Gereja Katedral Jakarta. Untuk memberi jalan bagi masjid, Benteng Prins Frederick yang dibangun pada 1837 dihancurkan.
Proyek masjid ini kemudian diarsiteki oleh Friedrich Silaban, anak dari pendeta Lutheran yang berasal dari Huria Kristen Batak Protestan. Desain masjid ini mengusungkan tema "Ketuhanan".
Masjid Istiqlal dalam bahasa Arab memiliki arti "Merdeka", yang melambangkan kemerdekaan dan kejayaan bangsa Indonesia. Pembangunan masjid Istiqlal merupakan wujud atau sebagai ungkapan syukur bahwa bangsa Indonesia dapat bebas dari penjajah.
Masjid Istiqlal mampu menampung sebanyak 200.000 orang jamaah yang terdiri dari, ruang salat utama dan balkon serta sayap yang memuat 61.000 orang. Ruang pada bangunan pendahuluan memuat 8.000 orang.
Lalu, ruang teras terbuka di lantai 2 memuat 50.000 orang dan semua koridor dan tempat lainnya memuat 81.000 orang
Diameter kubah bangunan utama masjid 45 meter melambangkan tahun kemerdekaan 1945. Lima lantai pada bangunan masjid melambangkan lima rukun Islam dan Pancasila, sedangkan 12 pilar utama penyangga kubah melambangka tanggal kelahiran Nabi Muhammad SAW.
