1. Jakarta - Yogyakarta (Jalur Selatan):
Cirebon - Brebes - Slawi - Bumiayu - Ajibarang - Purwokerto - Banjarnegara - Gombong - Kebumen - Purworejo - Yogyakarta - Wonosari.
2. Jakarta - Wonogiri (Jalur Utara):
Cirebon - Brebes - Tegal - Pemalang - Pekalongan - Batang - Kendal - Semarang - Magelang - Sleman - Yogyakarta - Klaten - Solo - Wonogiri.
3. Jakarta - Surabaya (Tol Trans Jawa):
Cirebon - Brebes - Tegal - Pemalang - Pekalongan - Batang - Kendal - Semarang - Salatiga - Boyolali - Solo - Sragen - Ngawi - Nganjuk - Lombang - Mojokerto - Surabaya.