Selanjutnya, DI/TII juga melakukan pemberontakan di Sulawesi Selatan. Pemberontakan ini dipicu oleh kekecewaan Kahar Muzakar karena pasukannya yang tergabung dalam Komando Griliya tidak dimasukan ke dalam Angkatan Perang Republik Indonesia (APRIS).
Pemberontakan berlangsung antara tahun 1950 hingga Februari 1965. Setelah ditolak dari APRIS. Kahar Muzakar berserta anak buahnya melarikan diri ke hutan, dan ia menyatakan bahwa pasukannya menjadi bagian dari NII Kartosuwiryo.