Menurut KPK, Hasto tidak hanya terlibat dalam skandal suap, tetapi juga aktif berusaha menghilangkan barang bukti.
Salah satunya, dugaan perintah kepada Harun Masiku pada 8 Januari 2020 untuk 'merendam Handphone-nya dalam air dan segera melarikan diri' saat tim KPK melancarkan operasi tangkap tangan.
Lebih lanjut, Hasto juga dituduh mengarahkan para saksi untuk memberikan keterangan yang tidak benar dan memerintahkan stafnya untuk menenggelamkan ponsel miliknya sebelum diperiksa KPK pada Juni 2024.