Selain manfaat, perlu adanya mengetahui efek samping dari kayu bajaka. Meskipun masih perlu diteliti kembali untuk memastikan efek samping pengonsumsiannya, Jurnal Biodjati menerangkan bahwa penggunaan kayu bajaka dalam dosis tinggi dapat memperburuk dampak radikal bebas, walaupun masih belum ada bukti ilmiah yang cukup untuk mengetahui efek samping kayu bajaka dalam dosis tertentu.
Badan amal Cancer Research di Inggris mengungkapkan beberapa jenis tumbuhan herbal sebenarnya aman dan tidak memiliki efek samping serius, namun sebagian obat herbal lain juga dapat berbahaya, apalagi jika belum teruji dan tidak digunakan secara tepat. Maka dari itu konsultasi dahulu dengan dokter sebelum mengonsumsi kayu bajaka sebagai obat herbal.
